Полнометражный фильм «Стальной алхимик: Финальная трансмутация» ставит масштабную и эмоционально заряженную точку в одной из самых уважаемых аниме-саг всех времён. Это кульминация долгожданной полной адаптации одноимённой манги Хироаки Аракавы, собравшей воедино все ключевые нити сюжета, заложенные ещё в оригинальной серии.
Действие разворачивается в 1614 году, на рубеже исторических эпох, когда Япония, израненная бесконечными войнами, наконец объединилась под жестокой, но необходимой властью первого сёгуна Токугавы Иэясу. В этом новом мире, где сёгунат стремится стереть с лица земли независимых воинов-ниндзя, два последних клана, Кога и Ига, вынуждены свернуть свою многовековую вражду и подчиниться общему...