Семь лет назад попытка уничтожить астероид обернулась катастрофой: мутации превратили многих обитателей планеты в гигантских, часто агрессивных существ. Человечество почти вымерло, а оставшиеся выжившие скрываются в укреплённых колониях. Джоэл, чьи родители погибли в первые дни, всю сознательную жизнь провёл в уютном, но изолированном подземном бункере.
Действие разворачивается в Японии на фоне хаоса и восстановления после Второй мировой войны. Американский военнопленный Ник Бэрроу совершает неожиданный поступок, вынимая из петли повешенного босса якудза по имени Киёси. Этот акт становится точкой отсчёта для невероятной истории, где линии врагов и союзников стираются.