Фильм «Повелитель пустыни» переносит зрителя в Аравию VII века, накануне зарождения ислама, в эпоху политических интриг и военных конфликтов между могущественными империями. Сюжет вращается вокруг исторической фигуры — принцессы Хинд, чьё отказование от воли персидского сатрапа Кисры, известного своей жестокостью, становится искрой, разожгшей масштабную войну.
После успешной диверсионной операции в Иране под прикрытием работает агент ЦРУ Том Харрис. Его следующая миссия в Афганистане внезапно превращается в борьбу за выживание, когда его реальная личность раскрывается. Теперь спецслужбы Ирана, Афганистана и Пакистана объединяют усилия, чтобы поймать его на территории, где он не может доверять никому.