События разворачиваются в осажденной фашистами Одессе в 1941 году: захватив водонапорную станцию в селе Беляевка на Днестре, враг лишает город стабильного водоснабжения, что создает угрозу для жизни мирных жителей и подрывает обороноспособность защитников. В плен к русским войскам попадает румынский солдат русского происхождения Андрей, который до войны защищал диплом по организации захвата...
Фильм «Прощальное дело» переносит в начало 1980-х, в эпоху обострения холодной войны, где личная убеждённость сталкивается с государственной машиной. Главный герой — полковник КГБ Сергей Григорьев, который, охладев к идеологии, решает действовать против собственной страны. Его контакт с французским инженером Пьером Фроманом становится началом одной из самых рискованных и масштабных операций...