Это завершающий фильм основной саги об агенте Итане Ханте, снятый Кристофером Маккуорри, который работал над двумя предыдущими частями франшизы. Действие разворачивается после событий «Миссии невыполнима: Смертельная расплата часть 1»: опасный искусственный интеллект по имени Entity вышел из-под контроля, постепенно перехватывает управление ядерными арсеналами ведущих мировых держав и...
Калеб, обычный рабочий, переживший страшную утрату — гибель своего ребёнка в результате несчастного случая — не может смириться с тем, что ответственный остался безнаказанным. Его горе быстро перерастает в одержимую ярость, и он принимает отчаянное решение: взять правосудие в свои руки. Мужчина похищает мальчика, который, по его убеждению, виновен в смерти сына.
«Процедура разделения», придуманная руководством корпорации Lumon Industries, обещает сотрудникам полное отделение рабочих обязанностей и связанных с ними эмоций от личной жизни: после прохождения операции человек не помнит ничего, что происходило с ним на работе, а его рабочие «я» не имеет доступа к воспоминаниям о доме, хобби и близких.