Мир фильма — безрадостное постапокалиптическое будущее, где руины мегаполисов соседствуют с выжженными пустынями, а выжившие живут под жесткой властью единоличного правителя, которого все называют Губернатором. Его власть держится на страхе и контроле над последними ресурсами, а за пределами укрепленных поселений бродят банды и те, кого местные жители боятся называть вслух — узники страны...
Действие разворачивается в 1614 году, на рубеже исторических эпох, когда Япония, израненная бесконечными войнами, наконец объединилась под жестокой, но необходимой властью первого сёгуна Токугавы Иэясу. В этом новом мире, где сёгунат стремится стереть с лица земли независимых воинов-ниндзя, два последних клана, Кога и Ига, вынуждены свернуть свою многовековую вражду и подчиниться общему...
Действие разворачивается в Сэнгоку периоде Японии, когда разрозненные провинции готовятся к масштабному конфликту. В уединённом горном монастыре с детства готовят элитных убийц, способных выполнять самые опасные задания: кандидатов проходит через жестокий отбор, физические и духовные тренировки, после чего оставшиеся в живых получают право называться ассасинами клана Кэга.