На территории престижной военной академии Вест-Пойнт происходит страшное открытие: труп молодой женщины, офицера армии США, обнаружен с явными признаками насильственной смерти. Жертва — Энн Кэмден, единственная дочь уважаемого генерала Джозефа Кэмдена, героя войны. Обстоятельства убийства носят извращённый и символический характер, что сразу указывает на глубокую личную мотивацию преступника.
Действие фильма разворачивается через двести лет после событий «Чужого 3». Корпорация «Вейланд-Ятани», действуя через военное командование, решает во что бы то ни стало заполучить образец инопланетного организма. Для этого они клонируют Эллен Рипли, извлекая из ее генетического материала память и частично воссоздавая ее тело, чтобы та, как и прежде, стала носителем для детеныша ксеноморфа.