Спокойная и безразличная к религии Фрэнки Пейдж переживает радикальную трансформацию, когда на её теле появляются стигматы — мистические раны, идентичные тем, что были у распятого Христа. Это событие привлекает внимание Ватикана. Отец Кернан, уполномоченный следователь, прибывает, чтобы разобраться в феномене, в то время как могущественный и безжалостный кардинал Хаусмен видит в Фрэнки угрозу...
Фильм продолжает историю, начатую в первом фильме, перенося зрителя в мир, где инопланетная угроза стала неотъемлемой частью человеческого общества. Несколько лет назад учёный Зэйн Земински обнаружил шокирующие доказательства: пришельцы незаметно меняют климат Земли, делая планету непригодной для жизни людей.
События ленты разворачиваются в далёком будущем, когда человечество столкнулось с угрозой исчезновения из-за нашествия разумных гигантских насекомых с планеты Клендату. В обществе установился строгий милитаристский режим, и только служба в вооружённых силах даёт человеку право считаться полноправным гражданином, получать социальные льготы и участвовать в управлении государством.