Первая часть закончилась победой черепашек над Шреддером, но злодей не собирается сдаваться так просто — его поддерживают оставшиеся члены Клана Фут и таинственный профессор Стокман, который разрабатывает для Шреддера технологию межпространственных порталов. Планы злодеев выходят на новый уровень: они готовят побег Шреддера из тюрьмы, чтобы он мог реализовать свой давний план по превращению...
Режиссер Поль Берр отказался от привычных для голливудских картин о терактах 11 сентября вымышленных сюжетных ходов и пафосных речей, решив построить повествование исключительно на достоверных фактах, свидетельствах очевидцев и записях переговоров между пилотами, диспетчерами и пассажирами рейса 93.