Послевоенный Токио 1946 года лежит в руинах: дома разрушены бомбардировками, горожане пытаются наладить жизнь на пепелище, а в воздухе всё ещё витает память о недавней катастрофе. В этом городе живёт Коити Сикисима, бывший камикадзе, который пережил войну, но потерял родителей и дом, а теперь работает в команде, обезвреживающей мины в Токийском заливе.
Действие разворачивается в 1614 году, на рубеже исторических эпох, когда Япония, израненная бесконечными войнами, наконец объединилась под жестокой, но необходимой властью первого сёгуна Токугавы Иэясу. В этом новом мире, где сёгунат стремится стереть с лица земли независимых воинов-ниндзя, два последних клана, Кога и Ига, вынуждены свернуть свою многовековую вражду и подчиниться общему...