Действие разворачивается в Аргентине начала 1980-х, в разгар военной диктатуры, когда политические репрессии затронули тысячи граждан. Молодой активист Валентин Арреги попадает в тюрьму по обвинению в антиправительственной деятельности, и его сразу же переводят в общую камеру к Луису Молине, который уже отбывает срок за уголовное преступление.
Фильм «Колония Дигнидад» переносит зрителя в мрачную реальность 1970-х годов, в Чили, где существует изолированное поселение, маскирующееся под благотворительную коммуну. На самом деле это убежище для нацистов-беглецов, в том числе бывших офицеров вермахта, и место чудовищных преступлений. Центральный персонаж — немецкий журналист Даниэль, который становится жертвой похищения тайной полиции.