Действие картины разворачивается в Италии начала XVII века, когда инквизиция тщательно отслеживает любое отступление от канонов католической церкви. Молодая монахиня Бенедетта, поступившая в обитель Пеши ещё в детстве, с детства отличалась набожностью, которая со временем перерастает в яркие, не поддающиеся рациональному объяснению видения.
Фильм «Прощальное дело» переносит в начало 1980-х, в эпоху обострения холодной войны, где личная убеждённость сталкивается с государственной машиной. Главный герой — полковник КГБ Сергей Григорьев, который, охладев к идеологии, решает действовать против собственной страны. Его контакт с французским инженером Пьером Фроманом становится началом одной из самых рискованных и масштабных операций...