Адаптация культового романа Рэмси Рорк переносит зрителя в мир, где реальность переплетается с фантастикой. Режиссёр Тим Бёртон, известный своими готическими и визуально яркими мирами, создаёт атмосферу загадочного приюта Мисс Перегрин, застывшего во времени и скрытого от посторонних глаз. История начинается с трагедии — смерти любимого дедушки, чьи сказки о детях-«странных» (peculiars)...
Действие фильма разворачивается в 1969 году в Великобритании, в закрытой школе для девочек, где жизнь учениц подчинена строгим правилам и устоявшимся традициям. Лучшие подруги Лидия и Эбби живут обычной жизнью подростков, пока не начинается странная «эпидемия»: одна за другой ученицы школы начинают падать в обмороки без видимых причин.