Третий полнометражный фильм франшизы «Моя геройская академия» переносит зрителей в эпицентр нового кризиса, угрожающего самому существованию людей с причудами — сверхспособностями, которые в этом мире стали повсеместным явлением. В отличие от предыдущих частей, здесь конфликт выходит за рамки школы У.А. и обретает глобальный масштаб.
Действие разворачивается в 2436 году, спустя три с половиной столетия после того как человечество покинуло Солнечную систему и обосновалось в системе Балканы. Близнецы Тор и Рай вели обычную жизнь в космической колонии Юнона на планете Рея, пока не вернулись домой и не обнаружили тела своих родителей.