После событий первой части верные друзья — черепахи Сэмми и Рей — наслаждаются размеренной жизнью в теплых водах океана, присматривая за только что вылупившимися внуками Рикки и Эллой. Идиллия рушится в одно мгновение: браконьер, охотящийся за редкими морскими обитателями для шоу в Дубае, хватает взрослых черепах и увозит их в закрытый аквариум.
«Шевели ластами!» — это масштабное анимационное путешествие, которое начинается в 1959 году и длится полвека. Главный герой, маленькая черепашка Сэмми, с рождения считает подводный мир своим безопасным домом, полным хищников вроде акул и пираньи. Однако его неутолимая любознательность толкает его исследовать и опасный берег, где главная угроза — человек.
Действие фильма разворачивается в альтернативном 2008 году, в Лос-Анджелесе, который переживает последствия Третьей мировой войны, разразившейся после ядерного удара по Техасу. Город находится на грани полного коллапса: экономика развалилась, повсюду царит хаос, а власти безуспешно пытаются удержать контроль над ситуацией, пока над всем висит угроза новой катастрофы.