Действие разворачивается в ближайшем будущем Японии, где из-за критически низкой рождаемости государство жёстко контролирует безопасность и воспитание детей, направляя многих в школы-интернаты. В этой строгой системе жизнь тихого и незаметного школьника Санды Кадзусигэ кардинально меняется, когда его одноклассница Сиори Фуюмура внезапно начинает его преследовать с ножом.
Аниме «Созданный в Бездне: Рассвет глубокой души» продолжает эпическое путешествие в таинственный мир Бездны, где главные герои — отважная Рико, робот-охранник Рег и воин Нанати — проходят через фантастические ландшафты, включая Сад цветов стойкости, чтобы достичь пятого уровня. Это самое глубокое место, откуда ещё можно вернуться на поверхность, и здесь расположена база Идофронт.
16-летний Ходака Морисима сбегает из дома в мегаполис Токио, где его ждёт суровая реальность: отсутствие документов, нехватка денег и вечное ненастье, затянувшее небо плотными тучами. Судьба сводит его с бывшим попутчиком, который даёт работу в журнале, пишущем о паранормальном, и крышу над головой.