Германия, 1946 год. Страна лежит в руинах после поражения нацистского режима. Британский подполковник Льюис Морган получает ответственное назначение — стать временным военным администратором Гамбурга, одного из самых разрушенных городов. Его задача — наладить жизнь в условиях тотального дефицита, голода и хаоса, следуя строгим директивам союзников.
Четвёртая часть культовой франшизы возвращает зрителя в мир высокотехнологичного шпионажа, где границы между союзниками и врателями стерты. После тотального провала миссии в Москве, приведшего к взрыву в Кремле, президент США инициирует крайнюю меру — «Протокол Фантом». Это означает полное расформирование отряда «Миссия невыполнима» и официальное отрицание всех его операций.
Действие фильма разворачивается в 1918 году, в последние месяцы Первой мировой войны. Молодой доктор Джорджо Волли возвращается с фронта, где он работал медицинским работником, и решает навестить детский приют, где когда-то служил перед мобилизацией. Во время войны учреждение эвакуировали в отдаленную горную деревушку, почти не связанную с внешним миром.