Послевоенный Токио 1946 года лежит в руинах: дома разрушены бомбардировками, горожане пытаются наладить жизнь на пепелище, а в воздухе всё ещё витает память о недавней катастрофе. В этом городе живёт Коити Сикисима, бывший камикадзе, который пережил войну, но потерял родителей и дом, а теперь работает в команде, обезвреживающей мины в Токийском заливе.
«5 сантиметров в секунду» — это визуальная поэма от одного из самых известных мастеров современного аниме, Макото Синкая. Фильм состоит из трёх историй, которые хронологически следуют за жизнью главного героя, Такаки Тоно, начиная с его школьных лет в провинциальном городе и заканчивая взрослой жизнью в столице.