Радиоастроном Зэйн Замински, который занимается поиском сигналов внеземных цивилизаций, однажды фиксирует передачу, которая доказывает существование пришельцев. Вместо ожидаемой славы и признания он получает увольнение от начальства, которое намеренно скрывает его открытие от общественности. Зэйн понимает, что за его находкой стоит грандиозный заговор, и решает самостоятельно докопаться до истины.
Этот фильм является прямым продолжением картины 1984 года и разворачивается спустя почти десять лет после описанных в ней событий. В 1993 году американские военные решают повторно запустить секретный проект «Филадельфийский эксперимент», изначально разработанный в 1943 году для создания технологии невидимости военных кораблей во время Второй мировой войны.