После событий второго фильма Коннор Маклауд наконец получает возможность жить спокойно, скрываясь от других бессмертных в родных шотландских горах. Но его вечная жизнь снова оказывается под угрозой: из заточения в мистической японской горе, где он держал его 300 лет, выпускают Колдуна Кейна — самого сильного и опасного из всех его врагов, жаждущего магической энергии и абсолютной власти над миром.
Действие фильма разворачивается в 1640-х годах на территории современной Канады, в колонии Новая Франция, которую только начинает осваивать небольшая группа французских поселенцев. Губернатор колонии Шамплен отправляет молодого священника отца Лафорга в отдаленную пограничную зону, где живут индейцы племени гуронов, с задачей обратить их в католическую веру и укрепить позиции колонистов в регионе.