После годового перемирия, последовавшего за масштабной битвой Годзиллы с Мехагодзиллой, японское правительство получает ультиматум от легендарной Мотры, вечного врага Годзиллы. В обмен на спокойную жизнь людей древний защитник Земли требует вернуть в глубины океана абсолютно все остатки первого нашествия Годзиллы: от костей и органических тканей до молекул ДНК, хранящихся в научных лабораториях.
