Фильм продолжает историю, начатую в первом фильме, перенося зрителя в мир, где инопланетная угроза стала неотъемлемой частью человеческого общества. Несколько лет назад учёный Зэйн Земински обнаружил шокирующие доказательства: пришельцы незаметно меняют климат Земли, делая планету непригодной для жизни людей.
После событий второго фильма Коннор Маклауд наконец получает возможность жить спокойно, скрываясь от других бессмертных в родных шотландских горах. Но его вечная жизнь снова оказывается под угрозой: из заточения в мистической японской горе, где он держал его 300 лет, выпускают Колдуна Кейна — самого сильного и опасного из всех его врагов, жаждущего магической энергии и абсолютной власти над миром.