Первая часть закончилась победой черепашек над Шреддером, но злодей не собирается сдаваться так просто — его поддерживают оставшиеся члены Клана Фут и таинственный профессор Стокман, который разрабатывает для Шреддера технологию межпространственных порталов. Планы злодеев выходят на новый уровень: они готовят побег Шреддера из тюрьмы, чтобы он мог реализовать свой давний план по превращению...
У Дианы, взрослой женщины, воспитывающей восьмилетнюю дочь и ведущей типичную жизнь домохозяйки, уже много лет не проходит чувство, что что-то в ее устройстве мира не так. 15 лет назад она была одной из немногих выживших после массового убийства в американском колледже, и до сих пор этот случай оставляет след в каждом ее дне, не давая обрести полное спокойствие.