Фильм «Спирит Непокорный» переносит зрителей в America конца XIX века, где судьбы двух свободолюбивых существ — девочки и лошади — переплетаются навсегда. Лаки Прескотт, только что переехавшая к отцу в захолустный городок, чувствует себя в ловушке. Её мать, легендарная наездница, оставила после себя лишь рассказы, а новая жизнь кажется скучной и ограниченной.
Томас открывает глаза в движущемся лифте, помня только своё имя. Его доставляют в «Приют» — каменную поляну, окружённую гигантскими стенами лабиринта, где живёт группа подростков, не помнящих прошлого. Каждый день они выживают по жёстким правилам: не выходить за границы поляны, не нарушать порядок. Раз в месяц в лабиринт отправляется экспедиция, но ни один runner — бегун — ещё не вернулся.
История главного героя начинается с детского шока: на сельском карнавале мальчик Лютер видит артиста-фрика, который на глазах у публики откусывает головы живым цыплятам. Это зрелище настолько поражает ребёнка, что он ломается психически и вырастает в жестокого маньяка, для которого откусывание голов людей становится единственным способом выразить себя.