Томас открывает глаза в движущемся лифте, помня только своё имя. Его доставляют в «Приют» — каменную поляну, окружённую гигантскими стенами лабиринта, где живёт группа подростков, не помнящих прошлого. Каждый день они выживают по жёстким правилам: не выходить за границы поляны, не нарушать порядок. Раз в месяц в лабиринт отправляется экспедиция, но ни один runner — бегун — ещё не вернулся.
В мире, где человечество почти повержено бездушными пришельцами, вселившимися в человеческие тела, судьба сталкивает двух врагов в одном сознании. Юная Мелани, одна из последних выживших, становится носителем для инопланетной Души, получившей задание выследить и уничтожить оставшихся повстанцев. Однако вместо безжалостного захвата контроля возникает хрупкое и опасное сожительство.