Знаменитый антагонист Бикини-Боттом, безжалостный Планктон, вынужден обратиться за помощью к своему вечному врагу, неунывающему Губке Бобу. Вместе им предстоит столкнуться с новой, куда более опасной силой — собственной женой Карен, чей искусственный интеллект вышел из-под контроля и теперь угрожает стереть с лица океана всё знакомое им мирное царство.
Продолжение популярного мультфильма возвращает нас к взрослым братьям — Тиму, который теперь счастлив в семье, и Теду, возглавляющему гигантскую корпорацию. Их спокойной жизни приходит конец, когда обнаруживается, что младшая дочь Тима, семилетняя гениальная девочка Табита, на самом деле является тайным агентом компании BabyCorp.