Первая часть закончилась победой черепашек над Шреддером, но злодей не собирается сдаваться так просто — его поддерживают оставшиеся члены Клана Фут и таинственный профессор Стокман, который разрабатывает для Шреддера технологию межпространственных порталов. Планы злодеев выходят на новый уровень: они готовят побег Шреддера из тюрьмы, чтобы он мог реализовать свой давний план по превращению...
